A décima culpa de Frei Elias foi que, declarado deposto, não aceitou o fato com humildade e paciência, mas partilhou tudo com o imperador Frederico, que tinha sido excomungado por Gregório IX, cavalgando e morando com ele, junto com alguns frades do seu grupo, com o hábito da Ordem. Isso redundava em escândalo para o Papa, a Igreja e a Ordem, principalmente porque o imperador, naqueles dias, já tinha sido excomungado e estava assediando as cidades de Faenza e de Ravena, e esse miserável estava sempre no meio de seu exército e apoiava o imperador com o seu favor e com seus conselhos. Deu motivo de escândalo até aos incultos e aos outros seculares; e, de fato, o povinho, os meninos e as meninas, quando encontravam os frades menores nas estradas da Toscana, como ouvi centenas de vezes, caçoavam assim: Hor atorno fratt’Helya / Ke pres’há la mala via (Agora ao redor de Frei Elias / que pegou o mau caminho).
Os frades bons ficavam cheios de mortal tristeza e de ira quando ouviam essas coisas. De fato, parecia que se tinham concretizado as palavras do Senhor (Mt 5,12): Vós sois o sal da terra; mas se o sal perder o sabor, como o podereis tornar salgado? Já não serviria mais a não ser para ser jogado fora e pisado pelas pessoas
Reagindo a essa provocação, o papa Gregório lançou a excomunhão contra Elias (pp. 234-235.
A décima primeira culpa foi ter sido acusado de cultivar a alquimia... (p. 235.
A décima segunda culpa foi que, depois de ter sido deposto, quando andava errante com o imperador, um dia foi a um convento de frades menores e, tendo-os reunido em capítulo, começou a querer demonstrar sua inocência e a injustiça de todos que o haviam deposto... Mas um dos frades respondeu-lhe com muita firmeza... Então Frei Elias perguntou-lhe: “Quem te recebeu na Ordem?”. E o frade, na hora: “Não tu, que abandonaste a religião e andas vagando pelo mundo, e por isso o povo caçoa de ti.. Pega o teu caminho, frade mosca!”. Ouvindo isso, Elias calou-se e foi embora confuso. O que respondeu a Frei Elias com essa firmeza foi Frei Boaventura de Forlí, como ouvi de sua própria boca (pp. 235-237).